В Париже, в своей третьей и последней эмиграции, Лист прожил три года. Со страстью и энергией, без которых он ничего не умел в жизни делать, отдался он изучению политической экономии и изложению своих окончательно сформировавшихся взглядов. Итогом его трудов была сначала обширная рукопись под заглавием "Естественная система политической экономии", представленная на объявленный Французской академией конкурс и опубликованная лишь в XX в., а затем его главная работа - "Национальная система политической экономии", изданная в Аугсбурге в начале 1841 г.
Свою книгу Лист мыслил как первый том обширного труда, который должен был охватить все проблемы политической экономии. Поэтому книга имела подзаголовок: "Международная торговля, торговая политика и германский таможенный союз". Но претенциозный замысел Листа остался неосуществленным. "Национальная система" имела немалый успех, и в ближайшие годы потребовалось еще два издания. Она сыграла важную роль в горячих дискуссиях вокруг проблем экономического развития и торговой политики Германии и оказала серьезное влияние на немецкую экономическую мысль.
Лист развивал свою излюбленную идею: путь к процветанию и объединению Германии лежит через рост промышленности, а промышленность германская нуждается в защите от сильной иностранной конкуренции с помощью высоких импортных пошлин и других средств торговой политики. Больше всего эта идея устраивала растущую промышленную буржуазию Запада и Юга Германии. Книга Листа нашла отклик и среди демократической интеллигенции. Несмотря на монархизм и поклоны Листа в адрес дворянства, общий дух его книги был дух прогрессивных буржуазных реформ. Предлагаемые им реформы были осторожными и половинчатыми, но в затхлом воздухе Германии 40-х годов эти идеи звучали чуть ли не революционно.
Книга безошибочно нашла и своих врагов. Идеи Листа затрагивали корыстные интересы прусских юнкеров, которые вывозили хлеб в Англию и охотно готовы были согласиться на беспошлинный ввоз английских промышленных товаров в Германию в обмен на свободу импорта германского хлеба в Англию. В "свободе торговли" была заинтересована также старая каста торговой буржуазии северогерманских городов. В последние годы жизни Листа эти круги развернули против него кампанию клеветы, оскорблений, анонимных угроз. К тому же Лист нажил себе немало врагов своей деятельностью по строительству железных дорог и едкими публицистическими выступлениями, в которых он задевал и помещиков, и университетскую профессуру, и церковь, а порой и представителей власти.
После возвращения в Германию Лист жил главным образом в Аугсбурге, занимаясь журналистикой и научной работой. Именно в эти годы он написал те сочинения, которые позже дали повод зачислить его в разряд великодержавных шовинистов и предшественников германского империализма. Лист утверждал, что перенаселенная Германия должна колонизовать "свободные" земли Юго-Восточной Европы (теперешние территории Венгрии, Югославии, Румынии, Словакии), которые находились в то время отчасти под властью Австро-Венгрии, отчасти - Турции. Он писал, что опорой великогерманской нации, в частности военной опорой, должно быть среднее независимое крестьянство, своего рода кулачество.
В связи с этими идеями Лист даже несколько изменил свое отношение к Англии, которую он всегда считал главным противником объединения и промышленного развития Германии. Теперь ему казалось, что Англия может поддержать Германию против ее сильных континентальных соседей - Франции и России. В 1846 г. он даже поехал в Англию, чтобы в беседах с английскими политическими деятелями выяснить, есть ли почва для такого сближения. Поездка эта кончилась полной неудачей.
Между тем здоровье Листа, от природы очень крепкое, заметно пошатнулось. Не мог добиться он и материальной обеспеченности для своей семьи. Сил его уже не хватало для постоянной борьбы, которую он вел, и бурной деятельности, к которой привык. Осенью 1846 г. Лист покончил жизнь самоубийством.